Sistem penjaminan mutu di Program Studi PAI, MPI, PGRA dan EKSYA berjalan sesuai dengan Standar Penjaminan Mutu, di mana ada umpan balik dan tindak lanjutnya serta didukung dokumen yang lengkap. Pelaksanaan penjaminan mutu di tingkat Universitas berada di bawah Lempbaga Penjaminan Mutu (LPM), di tingkat fakultas di bawah Unit Penjamin Mutu (UPM), dan di tingkat program studi di bawah Gugus Kendali Mutu (GKM), SK Tim diperbaharui setiap pergantian sampai sekarang.

Gugus Kendali Mutu (GKM) melakukan monitor dan evaluasi berupa umpan balik dan tindak lanjut dijaring setiap tahun dalam bentuk Audit Mutu Internal (AMI). Rumusan hasil AMI dituangkan dalam Rapat Tujuan Manajemen (RTM). Dalam RTM tersebut setiap Gugus Kendali Mutu (GKM) di Fakultas Agama Islam selaku unit pelaksana mutu pada tingkat Prodi akan menyajikan perumusan hasil AMI dan rencana kerja untuk penjaminan mutu berkelanjutan pada fakultas yang merupakan rangkuman tindak lanjut hasil AMI pada GJM/Fakultas dan GKM/Prodi agar dapat mendukung dan meningkatkan mutu Universitas Al Washliyah secara keseluruhan.

Sistem Penjaminan Mutu di Program Studi S1 PAI, MPI, EKSYA dan PGRA dirancang dan dilaksanakan dengan tujuan agar dapat menjamin mutu gelar akademik yang diberikan, menjamin kompetensi lulusan Prodi serta menjamin mahasiswa akan memperoleh pengalaman belajar sesuai dengan spesifikasi Program Studi.

Untuk prosesnya, pengelolaan Sistem Manajemen Mutu yang dilaksanakan oleh setiap unit pengendali dilakukan melalui pendekatan Plan-Do-Check-Action (PDCA) yang berlangsung secara berkesinambungan dalam satu tahun yang disebut dengan satu siklus. Setelah selesai satu siklus, akan dilanjutkan dengan siklus berikutnya yang mencakup program-program pengembangan berdasarkan tinjauan manajemen pada siklus sebelumnya.

Gambaran proses PDCA dalam satu siklus dapat dilihat pada diagram berikut: